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Im Themenbereich „Kult und Kirche“ wird die zeitliche Gliederung umgedreht und der Besucher in der Neuzeit abgeholt.

Die erste Aschheimer Kirche - wohl um 600 n. Chr. errichtet - diente wohl als erster Begräbnisort des heiligen Emmeram, mit dessen Lebensgeschichte Aschheim verbunden ist. Am Nachfolgebau fand 756 die erste bayerische Landessynode statt, in deren Protokoll Aschheim erstmals namentlich erwähnt wird. Kirchengeschichte, Emmeram und die Christ-ianisierung spielen hier eine große Rolle. Sowie auch die Schulgeschichte, die ihren Ausgangspunkt am Sterbeort des heiligen Emmeram bei Feldkirchen nahm, wo erstmals im 17. Jahrhundert Unterricht stattfand.

Die aus keltischen Zusammenhang stammende Statuette der Athene kann hier als anfassbarer Nachguß bewundert werden. Zeichen vorgeschichtlichen Kultes, wie beispielsweise eine kleine menschliche Tonfigur aus der Urnenfelderzeit oder ein mondförmiger Anhänger der späten Jungsteinzeit werfen Schlaglichter auf kultisches Geschehen in der Vorgeschichte.